United bước vào Cup FA ở giai đoạn vòng thứ ba với các câu lạc bộ khác Premier League, cũng như những từ Championship. Lễ bốc thăm vòng thứ ba được thực hiện ngày 04 Tháng 12 năm 2011,[9] United gặp Manchester City. United làm khách vào ngày 8 tháng 1 năm 2012, và đánh dấu trận derby cùng Thành phố lần thứ 162 với 1 chiến thắng 3-2 cho United. Trận đấu dưới sự trở lại của Huyền thoại Manchester United là Paul Scholes, anh từng nghĩ hưu sau trận chung kết Champions League với Barcelona. Hai cầu thủ Wayne Rooney và Danny Welbeck ghi ba bàn để giúp United dẫn trước 3–0 trong hiệp 1 và cầu thủ Vincent Kompany bị đuổi khỏi sân phút thứ 12 sau pha vô vào bóng bằng cả hai chân. Tuy nhiên, đội bóng thành Manchester City đã trở lại mạnh mẽ bằng hai bàn thắng của Aleksandar Kolarov pha đá phạt và Sergio Agüero sút từ cự ly gần.

Lễ bốc thăm cho vòng thứ tư diễn ra vào ngày 8 tháng 1 năm 2012, và United gặp đối thủ mạnh mẽ khác là Liverpool cho mùa giải thứ hai liên tiếp ở FA Cup. Trận đấu được chơi tại Anfield vào ngày 28 tháng 1 năm 2012. United đã thua 2-1. Daniel Agger của Liverpool ghi bàn mở tỷ số trước, và Park Ji-Sung đã cân bằng tỷ số 1-1 ở phút thứ 7 trước giờ nghỉ, nhưng Dirk Kuyt đã kết thúc hy vọng của United bằng 1 bàn thắng nữa. Trận thua này có nghĩa rằng United vẫn chưa giành được FA Cup kể từ năm 2004, hoặc thậm chí xuất hiện trong một trận chung kết kể từ năm 2007.